Nằm trong khuôn viên của trung tâm hoạt động không gian thuộc trung tâm hàng không của Đức (DLR) tại Oberpfaffenhofen, Đức, trung tâm điều khiển Columbus (Columbus Control Center – Col-CC) chịu trách nhiệm về việc điều khiển và hoạt động của Columbus. Tất cả các thí nghiệm của châu Âu trên Columbus đều được truyền dữ liệu trực tiếp về Col-CC thông qua hệ thống truyền dữ liệu của ISS. Col-CC điều phối các hoạt động thí nghiệm của châu Âu. Các dữ liệu liên quan được phân phối từ Col-CC tới các trung tâm hoạt động và hỗ trợ khách hàng trên khắp châu Âu, nơi chịu trách nhiệm hoàn thành các tiện ích, hệ thống con cho các tiện ích hoặc các thí nghiệm nào đó.